Os Centros Estaduais de Referência são unidades da rede SUS que prestam atendimento a públicos ou situações específicas, através da assistência propriamente dita ou, em determinados casos, oriundos da atenção básica. Estas unidades também se constituem em campo de pesquisa em suas áreas.

• Centro de Referência Estadual para Assistência ao Diabetes e Endocrinologia - CEDEBA
• Centro de Informações Antiveneno - CIAVE
• Centro de Atenção a Saúde do Idoso - CREASI
• Centro de Prevenção e Reabilitação do Portador de Deficiência - CEPRED
• Centro Estadual de Atenção ao Adolescente Isabel Souto - CRADIS
• Centro de Referência em Doenças Endêmicas - PIEJ
• Centro Estadual de Oncologia - CICAN
• CEDAP (antigo CREAIDS)
• Centro Estadual de Referência em Saúde do Trabalhador - CESAT
• Laboratório Central de Saúde Pública - Lacen