O Serviço de Farmácia, denominado de Arsenal Terapêutico, é responsável pela programação, armazenamento, controle, distribuição e dispensação de antídotos, medicamentos de suporte e soros antipeçonhentos, além prestar orientação farmacêutica.
O CIATox-BA possui os antídotos e medicamentos de suporte básicos para o tratamento de pacientes intoxicados agudamente e atendidos pela rede pública de saúde, com base no perfil epidemiológico do Estado.
A Farmácia disponibiliza também os soros antivenenos, obtidos através do Ministério da Saúde, para o tratamento de pacientes vítimas de acidentes ofídicos, escorpiônicos, aracnídicos e lonômicos.
